Szőnyegbombázás helyett célzott csapás – a jövő gyógyszereit kutatják Budapesten

Az Intel jóvoltából egyszerre utazhattunk a múltba és a jövőbe: tegnapi, rendhagyó sajtótájékoztatóját a hazai kutatás egyik fellegvárába, a csillebérci Központi Fizikai Kutató Intézet (KFKI) falai közé szervezte a multinacionális vállalat hazai képviselete. Budapest és Budakeszi határában, őrzött telephelyen található az intézet, ahol a modern technika sajátos elegyet alkot a kommunista időkből itt maradt infrastruktúrával. Az ódon falak között azonban nagyon fontos, többek között orvosbiológiai kutatások zajlanak. Ez utóbbi nemrég megkapta hazai viszonylatban a legerősebb szuperszámítógépet.

_{Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet}

Az SGI által szállított Altix Ice nevű monstrumot a Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet üzemelteti. A 64 blade szerverből összeállított, szekrény méretű számítógép összesen 512 processzormagot mondhat magáénak. Egy-egy blade két darab 3 GHz órajelű, négymagos Intel Xeon 5365 processzorral, vagyis 8 processzormaggal rendelkezik, és 16 GB memóriával. Az összesen 1 TB-nyi memóriához csatlakozó feldolgozóegységek együttesen 6,5 teraflopos teljesítményre képesek, azaz másodpercenként 6,5 ezer milliárd 64 bites pontosságú műveletvégzési sebességgel bír a rendszer. A klaszter Red Hat Enterprise Linuxot futtat, és a kódokat az Intel fordítóival és teljesítményhangoló eszközeivel optimalizálták.

_{Altix Ice – 64 blade szerver egy rack szekrényben}

Nem kisebb feladatot tűzött ki a gépet megvásárló Genagrid konzorcium az Altix Ice-szal, mint az allergia, az asztma és a leukémia elleni gyógykészítmények egy új generációjának kikutatását. Napjainkban ugyanis a különböző betegségekre felírt gyógyszerek „szőnyegbombázást” hajtanak végre, azaz egy általánosságban bevált szérummal próbálják meg enyhíteni a tüneteket, megszüntetni a kiváltó okokat. A jövő azonban az egyénre szabott készítményekben rejlik: az adott beteg genetikai tényezőinek figyelembevételével sokkal hatékonyabb gyógyszereket lehet előállítani.

Az olyan molekuláris biológiai kutatások, mint amilyen a genetikai, genomikai és fehérjekémiai (proteomikai) vizsgálatok hatalmas adattömegeken végeznek elemzéseket, így a nagy memóriakapacitás és műveleti párhuzamosság egyaránt fontos volt. Az Altix Ice a már fent említett genomikai kutatások mellett más magyarországi kutatási projektek adatelemzését segíti. Teljesítménysűrűségének köszönhetően azonban speciális hűtést igényel: egy, az intézet külterületén elhelyezett vízkeringető rendszer gondoskodik a processzorok működésével keletkező hőmennyiség elvezetéséről.

_{Az Altix Ice kültéri vízhűtéses rendszere}

A rendszer a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal támogatásával 2009. év elején indult, a 4 éves futamidejű Genagrid projekt részeként üzemel, amelyben az akadémiai oldalról a BME, az MTA KFKI RMKI, és a Semmelweis Egyetem is részt vesz. A kutatásokat egy több éves múltra visszatekintő interdiszciplináris kutatócsoport vezeti, ahol húsznál is több magasan képzett informatikus, biomérnök, bioinformatikus, orvos, és biológus kutató dolgozik szorosan együtt, diákok közreműködésével is. A projekt része a kutatási eredmények hasznosítása is, így más kutatócsoportok és biotechnológiai cégek is együttműködnek abban.